FBI agentlari Dana Skulli va Foks Mulder "X-fayllar" loyihasi ustida ishlashga tayinlangan. Bu g'ayritabiiy holat bilan bog'liq hal qilinmagan ishlarning arxivi. Mulder o'zga sayyoraliklarga ishonadi va skeptik Skulliga hamma narsa ham oqilona tushuntirishga imkon bermasligiga ishontirishga harakat qiladi. Asta-sekin o'zaro ishonchsizlik do'stlik va hatto chuqurroq tuyg'uga aylanadi.
Агентам ФБР Дане Скалли и Фоксу Малдеру поручают работу над проектом «Секретные материалы». Это архив нераскрытых дел, связанных с паранормальными явлениями. Малдер верит в пришельцев и пытается убедить скептика Скалли, что не всё поддаётся разумному объяснению. Постепенно взаимное недоверие перерастает в дружбу и даже в более глубокое чувство.