21-asrda shiddatli virus butun insoniyatni yo'q qildi va tirik qolganlarni o'zlarini maxsus gumbaz bilan himoyalangan bitta shaharda ajratishga majbur qildi. Aynan o'sha erda motivlari tushunarsiz bo'lgan va asosiy maqsadi taniqli siyosatchi bo'lgan Eon Fluxning sirli agenti ishlaydi.
В 21 веке свирепый вирус уничтожил большую часть человечества, а оставшихся в живых заставил изолироваться в одном-единственном городе, защищённом специальным куполом. Именно там действует таинственный агент Эон Флакс, мотивы которой необъяснимы и чьей главной целью является видный политический деятель.